കൊലപാതകം നടന്ന് ഇരുപത് വർഷങ്ങൾക്ക് ശേഷം മലങ്കര വർഗീസ് വധക്കേസിലെ മുഴുവൻ പ്രതികളെയും വെറുതെ വിട്ട് കൊണ്ട് സി ബി ഐ കോടതിയുടെ വിധി. തെളിവില്ലെന്ന് കണ്ട് കൊച്ചിയിലെ പ്രത്യേക സിബിഐ കോടതിയാണ് പ്രതികളെ വെറുതെ വിട്ടത്.
കേസിലെ 19 പ്രതികളിൽ മൂന്ന് പേർ നേരത്തെ മരിച്ചിരുന്നു. മലങ്കര ഓര്ത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയുടെ മാനേജിങ് കമ്മിറ്റി അംഗം പെരുമ്പാവൂർ സ്വദേശി ടി.എം വര്ഗീസ് ( മലങ്കര വര്ഗീസ് ) 2002 ഡിസംബര് അഞ്ചിനാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടത്.
സഭാ തർക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിൽ കലാശിച്ചതെന്ന് സി ബി ഐ ആരോപിച്ചിരുന്നു.
അഞ്ചു വർഷം ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് അന്വേഷണം നടത്തിയെങ്കിലും ഒന്നും കണ്ടെത്താനായിരുന്നില്ല. 2007 ലാണ് സി ബി ഐ അന്വേഷണം ഏറ്റെടുത്തത്. സഭയ്ക്കിടയിലുള്ള തർക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിലെന്നാണ് സിബിഐയുടെ കുറ്റപത്രത്തിൽ പറഞ്ഞിരുന്നത്.
രണ്ടാം പ്രതിയായ ജോയ് വര്ഗീസിനെ ( സിമന്റ് ജോയ്) സിബിഐ അറസ്റ്റ് ചെയ്തപ്പോള് കൊലപാതകം നടത്തിയ ഗുണ്ടകളെ പണം കൊടുത്ത് വാടകയ്ക്കെടുത്തിരുന്നതായി ഇയാള് വെളിപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.
എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യല് മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതി 2011 ഫെബ്രുവരി 25 നാണ് മലങ്കര വര്ഗീസിന്റെ കൊലപാതകം പുനരന്വേഷിക്കാന് സിബിഐക്ക് നിര്ദ്ദേശം നല്കിയത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഭാര്യ സാറാമ്മ വര്ഗീസ് നല്കിയ ഹര്ജിയെ തുടർന്നാണ് കൊലപാതകം പുനരന്വേഷിച്ചത്.
