നീണ്ട ഇടവേളയ്ക്ക് ശേഷം കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് വീണ്ടും സിപിഐഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി ചുമതലയേറ്റു. ഒരു വര്ഷത്തിന് ശേഷമാണ് കോടിയേരിയുടെ മടങ്ങി വരവ്. പാര്ട്ടി സംസ്ഥാന സെക്ടട്ടേറിയേറ്റിലാണ് തീരുമാനം ഉണ്ടായത്. പാര്ട്ടി സമ്മേളനങ്ങള് നടക്കുന്ന വേളയില് സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിന് മുന്പ് തന്നെ കോടിയേരി സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് തിരിച്ചെത്തണം എന്ന നിലപാടാണ് മടക്കം വേഗത്തിലാക്കിയത്. എംഎം മണിയാണ് ഇക്കാര്യം വ്യക്തമാക്കിയത്. സെക്രട്ടേറിയേറ്റ് യോഗത്തിന് ശേഷം മാധ്യമങ്ങളെ കാണുകയായിരുന്നു അദ്ദേഹം.
തദ്ദേശ തെരഞ്ഞെടുപ്പിന് തൊട്ടു മുന്പായിരുന്നു ആരോഗ്യ കാരണങ്ങള് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി സിപിഐഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് നിന്നും കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് മാറി നിന്നത്. മകനെതിരേ ഉയരുന്ന ആരോപണങ്ങള് പാര്ട്ടിയേയും മുന്നണിയേയും ബാധിക്കാതിരാക്കാനുള്ള കരുതലായിരുന്നു അവധിയടുക്കാനുള്ള കോടിയേരിയുടെ തീരുമാനമെന്നാണ് നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടത്.
സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയുടെ ചുമതല എ.വിജയരാഘവനു കൈമാറിയെങ്കിലും തദ്ദേശ-നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പുകളില് സിപിഐഎമ്മിനെ നയിച്ചത് കോടിയേരി തന്നെയായിരുന്നു. സീറ്റ് വിഭജനത്തിലും സ്ഥാനാര്ഥി നിര്ണയത്തിലും അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിര്ണായക ഇടപെടലുകള് പ്രകടമായിരുന്നു.
ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തില് പിണറായിയുടെ പകരക്കാരനായി സിപിഐഎം സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് ചുമതലയേറ്റ കോടിയേരിക്ക് തൃശൂരിലേത് രണ്ടാം ഊഴമായിരുന്നു. സിപിഐഎം മാനദണ്ഡം അനുസരിച്ച് ഒരു തവണ കൂടി കോടിയേരിക്ക് സെക്രട്ടറിയാകാം. ബിനീഷ് കോടിയേരിക്ക് ജാമ്യം ലഭിച്ചിരിക്കുന്ന പശ്ചാത്തലത്തില് എറണാകുളത്ത് കോടിയേരിക്ക് മൂന്നാമൂഴമുണ്ടാകുമെന്നാണ് കണക്കാക്കപ്പെടുന്നത്.